สมัยรัฐบาลยิ่งลักษณ์

เดือนมีนาคม พ.ศ. 2557 ไพบูลย์ นิติตะวัน เป็นผู้ยื่นคำร้องฟ้องยิ่งลักษณ์ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี ในคดีการโยกย้ายถวิล เปลี่ยนศรี

ส่งผลให้วันที่ 7 พฤษภาคม พ.ศ. 2557 ศาลรัฐธรรมนูญพิจารณาคำร้องของ ไพบูลย์ นิติตะวัน สมาชิกวุฒิสภาและมีคำวินิจฉัยว่านางสาวยิ่งลักษณ์ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี รองนายกรัฐมนตรี และรัฐมนตรีอีก 9 คน พ้นจากตำแหน่งและสิ้นสุดการปฏิบัติหน้าที่ทั้ง 10 คน[7]จึงทำให้เกิดสูญญากาศขึ้นไม่มีหัวหน้ารัฐบาลในขณะนั้น ฝ่ายทหารจึงประกาศกฎอัยการศึก เพื่อควบคุมสถานการณ์ออกคำสั่งโยกย้ายให้เจ้าหน้าที่ตำรวจพร้อมอาวุธจำนวนหลายพันนาย ออกจากกรุงเทพจนต่อมาวันที่ 22 พฤษภาคม พ.ศ. 2557 คณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) ได้เข้าใช้อำนาจการปกครองประเทศแทนในช่วงที่เกิดสูญญากาศ[ต้องการอ้างอิง]

ต่อมาเขาเป็นสมาชิกสภาปฏิรูปแห่งชาติ และได้รับเลือกให้ดำรงตำแหน่งกรรมาธิการยกร่างรัฐธรรมนูญ ซึ่งเขามีแนวคิดว่า "จุดใหญ่ของการปฏิรูป คือ การลดอำนาจพรรคการเมือง เพิ่มอำนาจให้ภาคประชาชนโดยการปฏิรูปให้ สส.เป็นตัวแทนของประชาชนอย่างแท้จริง ไม่ใช่ลูกจ้างพรรคการเมือง"[8]

คณะกรรมการปฏิรูปแนวทางและมาตรการปกป้องพิทักษ์กิจการพระพุทธศาสนา

เขายังได้รับแต่งตั้งให้เป็นประธานคณะกรรมการปฏิรูปแนวทางและมาตรการปกป้องพิทักษ์กิจการพระพุทธศาสนา สภาปฏิรูปแห่งชาติ ในวันที่ 6 มกราคม 2559 เขาเข้าร่วมเครือข่ายปกป้องพระเกียรติพระญาณสังวรสมเด็จพระสังฆราชและเครือข่ายสตรีปกป้องพระพุทธศาสนา ออกมาคัดค้านการแต่งตั้งสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ (ช่วง วรปุญฺโญ)เป็นสังฆราชองค์ใหม่